Во время расцвета Византийской империи по территории Египта начало распространяться христианство. В четвертом веке Вавилон стал популярным городом среди христиан, которые построили немало церквей. Но постепенно египетские христиане стали отделяться от христианской церкви в результате постоянных теологических споров, и вскоре они основали свою Коптскую церковь.

В 641 году, после того, как Египет завоевали арабы, арабские халифы построили себе новую столицу к северу от Вавилонской крепости. Город назвали Фустат, что переводится как «лагерь». Они начали строительство первых мечетей в Египте, вскоре в Фустате стали селиться арабы, город разрастался. Местные жители называли его Миср (по-арабски Египет). Через некоторое время столица стала настоящим культурным и торговым центром Египта.

До 750 года халифы правили Египтом из Дамаска, пока правитель династии Аббасидов не построил в Фустате специальный квартал эль-Катай с мечетью Ибн Тулун. Затем контроль над Египтом захватила династия Фатимидов и построила собственный район. Его назвали эль-Кахира – именно от этого названия произошло европейское слово «Каир», обозначающее столицу современного Египта в Европе. Этот квартал был доступен только для элиты, представители знати строили дворцы, мечети, разбивали сады. В то время Фустат был богатым производственным и торговым центром. Но к концу одиннадцатого века постоянные засухи вызывали голод, начались эпидемии чумы, и город стал приходить в упадок.

Кроме того, Фустат был плохо защищен от вторжений, и в 1168 году его захватили и сожгли крестоносцы, вторгшиеся в Египет. Сирийская армия под руководством основателя Аюбской Империи Салах-ад-Дина выгнала крестоносцев, и Аюбиды стала управлять эль-Кахирой. В 1176 году Салах-ад-Дин начал строить Цитадель – резиденцию правителей Египта, которая прослужила для этой цели более восьмисот лет. Во время правления турецких воинов Мамлюков Фустат процветал и развивался, хотя политическая ситуация в Египте была крайне нестабильной. Путешественники, побывавшие в столице в те времена, описывали великолепные дворцы, мечети, марасы и сады.

Во время правления Османской Империи Египет утратил свое былое значение и превратился в провинцию. Только в 1798 году на некоторое время Каир смог поучаствовать в международных отношениях: Наполеон сделал город своей штаб-квартирой. Возрождение Египта и его столицы произошло во время правления Мухаммеда Али Паши, которого называют отцом современного Египта. Он способствовал развитию культуры и экономики страны, восстановил Каир, построил новый городской центр по европейским стандартам. В Цитадели была возведена Мечеть Мухаммеда Али.

В 1811 году Мухаммед Али пригласил лидеров мамлюков под предлогом заключения мира (в то время отношения с мамлюками были очень напряженными) и убил их всех. Развитие города продолжал сын Мухаммеда Али: он построил дороги, новые здания, в 1869 году было отпраздновано открытие Суэцкого канала. Появились новые кварталы – Садовый город, Замалек, остров эль-Гезира.

В 1882 году Египет оккупировали англичане, которые сохраняли контроль над страной около семидесяти лет. Перед Первой мировой войной Каир стал зарабатывать продажей хлопка, который активно раскупался. В столице Египта начался строительный бум, в Каир приезжало много европейцев.

В 1952 году военные свергли монархический режим в стране, и англичанам пришлось покинуть Египет. Разъяренная толпа уничтожила все, что было связано с англичанами в Каире. После этого город продолжал расти, занимая все больше территории и включая в свой состав близлежащие города, которые стали пригородами Каира.