- Савка (Молдавия)
- Савка (Окницкий район)
- Сагайдак (Криулянский район)
- Садаклия
- Садова (Молдова)
- Садык
- Саицы
- Салкуца (Каушанский район)
- Салчия
- Салчия (Новоаненский район)
- Салчия (Шолданештский район)
- Самананка
- Самашканы
- Сарата-Галбенэ
- Сарата-Мерешены
- Саратены
- Сахарна
- Сверида
- Светлый (АТО Гагаузия)
- Секарены
- Селиште (Оргеевский район)
- Селиштя Ноуэ
- Семёновка (Хынчештский район)
- Семёновка (Штефан-Водский район)
- Сергиены
- Синешть
- Сипотень
- Сирець
- Сирота (Оргеевский район)
- Скаяны (Дондюшанский район)
- Скаяны (Флорештский район)
- Скиноаса
- Скиняны
- Скорены
- Слободзея-Душка
- Слободка (Единецкий район)
- Слободка-Медвежа
- Слободка-Ширеуцы
- Слобозия (Штефан-Водский район)
- Слобозия-Вэрэнкэу
- Слобозия-Кремене
- Слобозия-Ходороджя
- Слобозия-Хородиште
- Собар
- Сокол (Шолданештский район)
- Соколены
- Солончены
- Сорока (Глодянский район)
- Сороки (город)
- София (Дрокиевский район)
- София (Хынчештский район)
- Спея (Новоаненский район)
- Средняя Жора
- Ставчены
- Сталинешты
- Старая Кетрошика
- Старая Кобуска
- Старая Татаровка
- Старые Бадражи
- Старые Дубоссары
- Старые Каракушаны
- Старые Клокочены
- Старые Куконешты
- Старые Лимбены
- Старые Радуляны
- Старые Рошиетичь
- Старые Томешты
- Старые Фундуры
- Старый Орхей
- Стежарены
- Степь-Сочь
- Стецканы
- Стойканы
- Столничены (Единецкий район)
- Столничены (Унгенский район)
- Столничены (Хынчештский район)
- Стояновка (Кантемирский район)
- Страшены
- Стрымбены
- Стурзовка
- Стырча
- Стырчены
- Сударка
- Суркичены
- Суручены
- Суслены
- Сухат
- Сынджера
- Сынжерея
- Сырбешты
- Сырково (Резинский район)
- Сэсень