Влияние города в античном мире было огромным: даже Аристотель, который жил за несколько сотен километров от Массалии, рассказывал в своих трудах о политическом устройстве города и причинах устойчивой и эффективной власти.

Такой успех не мог длиться вечно: живущие по соседству этруски и карфагеняне, которые на протяжении долгих веков занимали доминирующее положение в этом регионе, неизбежно стали завидовать богатству и влиянию Марселя. Лигурийские племена, в прошлом сыгравшие определенную роль в основании города, тоже были недовольны. Между массалийскими греками и соседними племенами возникали постоянные стычки, впрочем, не без причины: например, карфагеняне не только пытались одержать победу в борьбе за влияние, но и хотели прекратить постоянное пиратство, которым промышляли греки-жители города, и которое начало принимать угрожающие масштабы. Но силы были практически равны, никто не мог в конечном итоге одержать победу. Каждая из сторон пыталась привлечь на свою сторону союзников, причем массалийские греки поступили весьма мудро: они заключили союз с Римским государством, которое только набирало силу, но уже обещало стать великой империей. Так с 389 года до нашей эры на протяжении трехсот лет Массалия и Рим были в тесных отношениях.

Могущество Римской империи росло, Массалия же уступала Риму в искусстве ведения войны, поэтому часто просила союзников помочь в борьбе с галлами, лигурийцами и другими соседними племенами. Римляне не только помогали массалийцам защищаться, но и вытеснили врагов с побережья Средиземного моря. Вскоре Римская империя захватила земли на побережье от Пиренейского до Аппенинского полуострова, все захваченные земли входили в состав империи. Массалия уже со всех сторон была окружена территорией римлян, но оставалась независимой.

Благоприятные времена для города закончились в 49 году до нашей эры: в Римской империи разразилась гражданская война, Цезарь и Помпей боролись за власть в Риме. Сторонники Помпея убедили массалийцев принять его сторону, но это решение стало роковым для города. Войска Цезаря в течение шести месяцев осаждали город, после чего Массалия сдалась. Цезарь подчинил ее себе, независимость была утрачена. Несмотря на богатство и процветание Массалии, римляне не пожелали сделать ее столицей региона Нарбонская Галлия. Неудивительно, что для города началось время упадка, римское развитие обошло Массалию стороной.

В третьем веке нашей эры в городе стало распространяться христианство, а в начале четвертого века в нем уже был епископ. В пятом веке в Марселе был построен первый собор, и скоро город стал важным христианским центром и даже претендовал на звание религиозной столицы Прованса.

После падения Римской империи Марсель постоянно переходил из рук в руки: побывал под контролем вестготов, остготов, франков. Постоянные войны и мятежи не давали городу развиваться. Кроме того, в шестом веке город атаковали тяжелые эпидемии чумы, повторявшиеся каждые несколько лет. Марсель практически опустел, здания стояли заброшенными, люди покидали город.

С восьмого века Марсель оказывается под властью Карла Мартелла, который серьезно разграбил город. Когда империя Карла Великого была разрушена, город оказался под новой угрозой – на него нападали арабы, викинги. Марсель был почти стерт с лица земли. В десятом веке он стал частью Священной Римской империи, но опять не заслужил статус административного центра. Жители города постоянно устраивали восстания, но безрезультатно. В 1252 году Марсель попал под власть французских королей, которые несколько веков были сосредоточены на Италии, Марсель же их не интересовал. В 1357 году в городе опять началась эпидемия чумы, которая распространилась на всю Францию.